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进出口报关单录入申报子系统包括进出口报关单录入、修改、申报和打印以及综合查询等功能。企业用户可持具有录入权限的操作员卡进行进出口报关单的录入，持具有申报权限的操作员卡向海关进行报关单申报，并可对报关单数据海关审核状态进行查询。
已完成录入的报关单，进行申报时“申报”按钮不能激活可能是由于下列原因造成的：
1、录入表头或表体数据后未暂存；
2、未按规范填制报关单；
3、暂存后报关单未提交；
4、未使用申报卡进行申报操作；
5、本地参数库需要更新。
根据报关单数据所处状态，分三种情况进行处理：
1、报关单数据申报前，有录入或申报权的操作员都可以进行修改；
2、报关单数据申报后，海关审结前，不能对数据进行修改；
3、报关单数据申报并海关审结后，企业应按海关有关规定，提出修改申请。
可通过“综合查询”的“回执查询”功能进行查询。
报关单录入申报子系统对现行企业报关业务操作方式进行了部分调整，主要是：
一、进（出）口货物报关单电子数据可由进出口企业或专业、代理报关企业通过中国电子口岸向海关进行电子申报。
二、注册使用中国电子口岸的企业不再使用针打式打印机在预先印制的空白《进（出）口货物报关单》上套打报关单，改用激光打印机在空白A4纸上直接打印《进（出）口货物报关单》。报关单格式、栏目内容及单面尺寸与现行报关单相同。
三、《进口货物报关单》一式四联，用途分别为：
1、海关作业联；
2、企业留存联；
3、海关核销联；
4、进口付汇证明联。
四、《出口货物报关单》一式五联，用途分别为：
1、海关作业联；
2、企业留存联；
3、海关核销联；
4、出口收汇证明联；
5、出口退税证明联。
报关企业可选择下列六种方式之一打印报关单：
一、进口非加工贸易监管方式，打印海关作业联、企业留存联、进口付汇证明联；
二、进口加工贸易监管方式，打印海关作业联、企业留存联、海关核销联、进口付汇证明联；
三、出口非加工贸易监管方式，打印海关作业联、企业留存联、出口收汇证明联、出口退税证明联；
四、出口加工贸易监管方式，打印海关作业联、企业留存联、海关核销联、出口收汇证明联、出口退税证明联；
五、单独打印一份《进口货物报关单》，不注明用途，交海关审核签章后用于各类特殊需要；
六、单独打印一份《出口货物报关单》，不注明用途，交海关审校核签章后用于各类特殊需要.
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